Caractérisation physiologique et moléculaire d’une collection de rhizobiums nodulant quatre espèces du genre Hedysarum L., en Algérie

Abstract

Ce travail a été réalisé afin de créer une collection algérienne de souches de rhizobiums isolées des nodosités de quatre espèces du genre Hedysarum (H. coronarium, H. aculeolatum, H.flexuosum et H. capitatum) issues de différentes régions du pays. Parmi les 431 souches constituant la collection créée, 89 souches ont été choisies pour subir une étude de diversité physiologique et génétique. La culture sur milieu YEM des souches a abouti à l’apparition de colonies circulaires de 1 à 3 mm de diamètre d’un aspect gommeux translucide ou crémeux qui ont pu être visibles en 1 à 2 jours d’incubation à 28°C. Ainsi, le test d’authentification, effectué en pots contenant un sol stérile, a induit la formation de nodosités hétérogènes dans leur forme et leur nombre chez les 89 souches étudiées. Ceci confirme que nous sommes en présence de rhiozbia à croissance rapide. La caractérisation physiologique des souches via quatre tests physiologiques qui sont : la tolérance aux stress hydriques (-0,5 à -1,5 MPa) et salin (200 à 2000mM NaCl), aux températures (24 à 40°C) et aux pH (6 et 8), a pu mettre en évidence une grande tolérance parmi les souches examinées en particulier pour la tolérance à la salinité. La majorité des souches acidifient le milieu en présence de BTB. Afin de finaliser ce travail, nous avons choisi les amorces Box comme technique d’empreinte génétique pour la caractérisation génétique des souches. L’analyse des profils moléculaire obtenus en utilisant la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Methode with Arithmetic Average) et le pourcentage de similitude a abouti à la construction d’un dendrogramme, qui révèle parfaitement l’existence d’un niveau significatif du polymorphisme moléculaire entre les 89 souches étudiées, avec leur structuration en 06 cluster différents à un niveau de similarité génétique de 10%. Une grande variabilité entre les souches issues de la même nodosité (diversité intra-nodulaire) a été mise en évidence pour les deux types de caractérisation réalisés. Aucune corrélation n’a été mise en évidence entre les données écologiques du milieu d’origine des isolats et les caractéristiques physiologiques et/ou les profils moléculaires obtenus.