Détection et diversité génétique de Xanthomonas campestris sur les Brassicacées en Algérie

Abstract

Xanthomonas campestris provoque des maladies chez les plantes de la famille des Brassicacées. L’une de ces maladies est la nervation noire. Elle est de distribution universelle et considérée comme la plus destructive des crucifères. Bien que les sources de contamination sont multiples, la semence reste la source principale de la transmission des pathogènes. S’assurer de leur qualité sanitaire est le moyen de lutte le plus efficace contre les bactérioses. Actuellement les techniques officielles adoptées dans les procédures de contrôle des lots de semences sont essentiellement basées sur les techniques microbiologiques. Ces techniques sont longues et coûteuses pour être utilisés en routine. La PCR utilise comme substrat l’ADN qui est une molécule stable, ne rend pas compte de la viabilité des bactéries dans l’échantillon analysé. Le présent travail avait deux principaux objectifs : proposer un nouvel outil moléculaire de détection fiable et rapide de Xanthomonas campestris vivants dans les semences de de Brassicacées « la seed-qPCR». Cette technique est basée sur un enrichissement par germination des semences contaminées couplée à une Taq-man PCR en temps réel après extraction de l’ADN cible. Elle est peu onéreuse et permet de détecter jusqu’au 1 graine contaminée parmi 10 000 graines saines. La deuxième partie consiste à caractériser les souches de X. c. pv. campestris isolées à partir des parcelles infectées en Algérie identifiées pour la première fois. Cent-soixante-dix isolats ont été identifiés et caractérisées par des tests biochimiques, biologiques et moléculaires. 77 isolats ont été sélectionnés pour étudier leur diversité génétique par la méthode MLSA (multilocus sequence analysis) en utilisant 2 gènes de ménage, le gène gyrB et le gène ropD.