La modélisation par homologie et l'étude de la structure et la fonction de Ferredoxin-nitrite reductase chez Arabidopsis thaliana

Abstract

Dans cette étude a été fait une construction d’un modèle théorique tridimensionnel pour l’enzyme Ferredoxin-nitrite reductase chez Arabidopsis thaliana . l’étude de mécanisme de sa fonction en utilisant des programmes bioinformatiques. On s’est basé sur la méthode la modélisation par homologie pour construire ce model, et cela par quater étapes essentielles. L’obtention du séquençage du protéine but de Data base, et puis la recherche des moules des protéines qui lui correspond. La sélection du protéine 2akj identifié expérimentalement comme moule. On a fait un compatibilité entre le séquençage du protéine but et le moule 2akj qui a été sélectionné. Puis une construction de 10 modèles théoriques du protéine but par le programme modeller. En fin, l’évaluation des modèles obtenus par différent paramètres ou le meilleur model a été choisi et qui possède de bonnes caractéristiques qui l’approche des moules expérimentales ( le pourcentage de similarité 81%. RMSD= 0,2Å. 99,5 % d’acides aminés ont une conformation dans la région favorable dans la Ramachandran plot. Z-score = -10.37). En fin on a procédé a une étude d’analyses pour le moule tridimensionnel et son site active et l’essaie de compréhension et l’étude de mécanisme de sa fonction.