Activités biologiques de champignons endophytes isolés du palmier dattier (Phoenix dactylifera L.)

Abstract

Les palmeraies du Sud de l‟Algérie et celles d‟Alicante en Espagne sont sous l‟influence du stress biotique et abiotique. Le palmier dattier d‟Adrar (Tamentit, El Mansour et Bendraou) et des dunes d‟Alicante (San Juan, El Carabassi, et Guardamar) a été choisi pour isoler les champignons endophytes racinaires. L‟étude de la diversité de cette population endophyte isolée à partir de 11 échantillons de racines de palmiers dattiers, des trois dunes d‟Alicante et de 18 échantillons des trois palmeraies d‟Adrar, a permis une identification de plusieurs genres sur la base des caractères morphologiques. Trente-neuf isolats représentant les groupes les plus dominants provenant du palmier d‟Alicante ont été sélectionnés pour la caractérisation moléculaire. Un total de 485 champignons isolés à partir du palmier dattier d‟Alicante a été assigné à 17 OTU et 13 taxons, parallèlement, dans la région d‟Adrar, un total de 460 champignons endophytes ont été isolés et affiliés à dix taxons. L‟indice de Shannon H‟ et l‟indice d‟équitabilité J, ont montré une biodiversité et une équitabilité de l‟abondance des espèces dans les dunes et les palmeraies étudiés. La présence d‟espèces et de genres ubiquistes, comme le cas de Fusarium sp., Aspergillus terreus, Chaetomium sp., et Acremonium et d‟autres identifiés pour la première fois comme des endophytes de palmier dattier, tels que : Clonostachys sp., Beauveria bassiana, et des membres de Diaportales et de Botryosphaeriacae explique cette biodiversité. Un total de 70 souches d‟endophytes fongiques du palmier dattier dont la moitié provenant d‟Alicante et les autres d‟Adrar ont été confrontés, par l‟utilisation de la méthode de double culture pour le test d‟antagonisme in vitro, contre trois pathogènes telluriques Fusarium oxysporum f.sp albedinis (SL) et (G1), Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici (G2) et Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt). Les endophytes fongiques exercent des effets antagonistes à des degrés divers allant de 39% à 88,61%. Cette variation dépend des espèces antagonistes utilisées et des isolats fongiques étudiés. Un total de 41 souches d‟endophytes inhibe la croissance mycélienne avec l‟apparition d‟une zone d‟inhibition très claire. Cette variation est liée aux mécanismes d‟action impliqués par les endophytes qui sont principalement, la compétition, l‟antibiose ainsi que le phénomène de mycoparasitisme. Quinze endophytes fongiques appartenant à Aspergillus terreus, Fusarium oxysporum, Fusarium sp., Botryosphaeriaceae, Pythium et morphospecies ont été utilisés pour le test de tolérance au sel . Tous les champignons testés ont montré une bonne croissance à une concentration de NaCl à 15 g/l et une croissance plus au moins moindre ou absente à 75 g/l. Les champignons endophytes du palmier dattier sont classés comme halotolérants et halophiles extrêmes. L‟évaluation in planta de l‟efficacité de huit champignons endophytes dans la promotion de la croissance de l‟orge (Hordeum vulgare L. var. Saïda) et du blé dur (Triticum durum Desf. var. Waha) a été étudiée, tout en mettant en évidence la capacité de production in vitro de métabolites secondaires impliqués dans cette biostimulation à savoir, la synthèse de l‟acide indole acétique (AIA), la solubilisation du phosphore (P) et la production de l‟acide cyanhydrique (HCN). Les souches d‟Aspergillus sp., l‟espèce apparentée aux Marasmiaceae, Chaetomium spp. et Aspergillus terreus affichaient une forte activité métabolique et ont synthétisé plus de métabolites que les autres. L‟essai in planta a montré une amélioration de la croissance végétale, qui était significative en présence de Penicillium sp., Aspergillus sp. sur l‟orge et en présence de Chaetomium sp et la souche de Botryosphaeriaceae sur le blé. L‟isolat de Marasmiaceae, Fusarium sp. et Aspergillus terreus provoquent une inhibition de la germination et de la croissance des semences.