Etude de la diversité génétique de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici agent du flétrissement de la tomate et recherche de l'effet antagoniste de Trichoderma spp. à l'égard de l'agent pathogène

Abstract

Des prospections ont été menées dans différentes zones de production de la tomate en Algérie entre 2012 et 2015. 50 isolats de Fusarium associés à la culture de la tomate ont été collectés à partir de plants malades. Une caractérisation moléculaire par PCR en utilisant l'amorce spécifique PF02-03, a permis d'identifier 29 isolats comme étant des Fusarium oxysporum. En outre, l'amplification par PCR avec les amorces spécifiques P12-F2B / P12-R1, SIX3-F1/SIX3-R2, SIX4-F1/SIX4-R1 et SIX3-G137C-F1/SIX3-R2 a fait la distinction entre les isolats de Fol, et ceux du Forl, permettant l'identification de 19 isolats sur 29, comme Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol), à savoir, 17 isolats comme race 2 (race dominante), 2 isolats comme race 3 et aucun des isolats n’a été identifié comme race 1. En outre, le test de pathogénicité in vivo a montré une grande diversité en terme d'indice de maladie allant de 1,2 à 3,7 enregistrés par les isolats F9 (Forl) et F30 (Fol) respectivement. L’étude de la diversité des isolats par les marqueurs ISSR, montrent une grande variabilité génétique aussi bien au sein des isolats de la même race qu'entre des isolats appartenant à des races différentes. Les résultats ont montré que seulement 10 isolats tendent à se regrouper par paire d'isolats avec un indice de similarité supérieur à 0,55. Le reste des isolats montrent un indice de similarité inférieur à 0,5. Cependant, une corrélation pourrait être notée entre le test de virulence et de la caractérisation moléculaire en utilisant des amorces spécifiques. Afin d'améliorer les méthodes de lutte biologique contre la fusariose de la tomate, trois espèces différentes, à savoir Trichoderma asperellum, T. harzianum et T. ghanense, ont été identifiées parmi une collection de 17 isolats autochtones de Trichoderma. Il est à noter que T. ghanense n'a jamais été signalé en Algérie auparavant. Bien que T8 (T. ghanense) ait enregistré les valeurs d'inhibition de la croissance les plus élevées contre l'isolat F42, sur les deux membranes avec 56,87% sur membrane de cellulose et 51,22% sur membrane de cellophane, le potentiel antagoniste des isolats de Trichoderma testés in vitro montre que leur capacité antagoniste dépend des isolats phytopathogènes ciblés. De même, au cours du test de l'activité antifongique in vivo, l'isolât T8 a montré la plus importante réduction de l'incidence de la maladie avec 53,12% et 48,28% contre Forlc et l'isolat F42 (Fol) respectivement.