Etude de botrytis cinerea agent de la pourriture grise des cultures variabilité phénotypique optimisation des méthodes d'extraction d'ADN et identification moléculaire

Abstract

Botrytis cinerea (téléomorphe : Botryotinia fuckeliana) est un champignon phytopathogène, polyphage et ubiquiste difficile à contrôler, présente une grande variabilité phénotypique et génétique. L’intégrité de l’ADN soit un outil clé pour réussir les procédures d’identification moléculaires de cet agent pathogène, plusieurs protocoles d’extractions exigent la procédure de broyage mycélienne en utilisant l’azote liquide pour obtenir des extraits de haute qualité et en quantité suffisante. Trois protocoles d’extractions d’ADN( SDS - triton x 100, Sorbitol - CTAB Microondes - SDS-EDTA ) couramment utilisé ont été utilisés dans cette étude. Nous avons suivi les mêmes démarches des études de la diversité génétique en incluant trois isolats provenant des différentes plantes hôtes (de la fraise, la tomate et la vigne), dans le but optimiser les méthodes identification génétique basée sur la PCR au moins pour un ensemble des amorces ( C729 ±, F300/F1550, BotyF4/BotyR4). Dans la première partie nous avons procédé à une étude de caractérisation morphologique de nos isolats ( T5, V9 et F3), qui ont révélé d’une grande variabilité. À la seconde partie , le protocole décrit par Zelaya-Molina et al. (2011) dont le tampon SDS - triton x 100 a extrait l'ADN avec le meilleur rendement, et est le plus reproductible, également nous avons optimisé le protocole PCR décrit par Mirzaei et al. (2007) pour la détection de B. cinerea, en outre, nous avons trouvé un truc dans la PCR consiste a utilisé les gradients de la température d’hybridation pour détecter les éléments transposables Boty et Flipper de 24 échantillons en même temps. Les deux éléments transposables, Flipper et Boty ont été détectés à cette étude.