Contribution à l’étude de la tache auréolée du blé causée par Pyrenophora tritici-repentis (Died.) Drechs. : Evaluation de la diversité du gène de virulence ToxA et recherche des sources de résistance à l’égard de la race 1 et la race 5

Abstract

La tache auréolée du blé causée par le champignon Pyrenophora tritici-repentis est l’une des principales maladies qui sévit dans les régions d’Afrique du Nord et du Moyen Orient. Des prospections des zones céréalières en Algérie, réalisées durant les deux campagnes agricoles 2014/2015 et 2015/2016, ont permis de construire une collection de 87 isolats de ce champignon. La caractérisation morphologique des isolats, a montré le développement d'un mycélium épais cotonneux ou très cotonneux, parfois pelucheux, de couleur blanche ou vert-grise, avec généralement la production dans le milieu d’un pigment vert. L’évaluation du pouvoir de sporulation, et de la croissance radiale des cultures à la température optimale 25 °C, ont révélé l’existence d’une différence très hautement significative entre les isolats étudiés. Le maximum de croissance radiale journalière enregistré a été de 6,75 mm, alors que le maximum de sporulation a été de 31297 spores/ml/cm² respectivement. La diversité génétique de 85 isolats algériens a été évaluée à l'aide de 8 marqueurs SCoT et 8 marqueurs SSR. Les résultats obtenus ont révélé une variabilité génétique importante. Pour les amorces SCoT, toutes ont donné le polymorphisme recherché avec 143 marqueurs détectées ; le nombre de marqueurs par amorce variait de 9 à 24 mettant en évidence 70 haplotypes. Cependant, pour les amorces SSR, seules 2 amorces ont été polymorphes, un total de 17 marqueurs a été détecté ; le nombre de marqueurs variait de 2 à 15 avec révélation de 40 haplotypes. Dans le but de rechercher une possible variation au niveau de la séquence du gène de virulence ToxA, la collection d’isolats étudiés a été complétée par d’autres, isolés lors des campagnes agricoles 2006/2007 et 2010/2011. En plus des isolats précédents, 44 isolats algériens, 14 isolats tunisiens et 58 isolats syriens, ont été ajoutés. La recherche de ce gène par PCR chez les 213 isolats, nous a permis de conclure qu’il est présent chez 150 isolats soit 70 % de ceux étudiés. Le séquençage et l’alignement des séquences de ce gène obtenus à partir de 25 isolats choisis parmi ceux des 3 pays, ont montré clairement l’existence d’une variation chez deux isolats algériens. Cette dernière est une mutation silencieuse au niveau du 180éme codon, résultant de la substitution d’un seul nucléotide (G en A). Cette variation nous a permis d’identifier un nouveau haplotype jamais décrit au paravent chez P. tritici-repentis, ni chez autres espèces possédants ce gène. Les deux isolats ayant montrés une variation au niveau de ToxA, ont été identifiés après leur inoculation sur une gamme différentielle, comme appartenant à la race 2 ; il s’agit de la première signalisation de cette race dans les champs algériens. L’infiltration des feuilles de la variété Glenlea (sensible à la toxine Ptr ToxA, produite par le gène ToxA) par les filtrats de cultures des deux isolats, a confirmé que la mutation était silencieuse. Enfin une recherche des sources de résistance à l’égard des deux races 1 et 5 de P. tritici-repentis, a concerné 116 génotypes de blé. L'évaluation de la réaction a été réalisée en premier sur des plantules sous conditions contrôlées, suite à un second essai de confirmation de la réaction des génotypes résistants en conditions contrôlées, celle-ci a été confirmée par un essai en plein champ. Les résultats ont montré l’existence de 13 génotypes, résistants à la race 1 et 23 autres résistants à la race 5. Parmi eux, 7 génotypes ont montré une résistance aux deux races. Il s’agit également du premier rapport de sources de résistances à cette maladie en Algérie.