Etude de la diversité génétique des espèces de Phoma spp. inféodées aux Fabaceae

Abstract

Les espèces appartenant au genre Phoma sont très redoutables sur les cultures des Fabacées alimentaires et fourragères. Elles provoquent de graves symptômes sur les parties souterraines et aériennes des plantes hôtes et sont souvent la cause de sérieuse baisse de rendement. L’identification de ces espèces et la connaissance de leur variabilité génétique ainsi que leur spécificité parasitaire sont nécessaires pour améliorer les méthodes de lutte. Différentes techniques ont été utilisées afin d’estimer la diversité génétique de 26 isolats de Phoma et d’ Ascochyta obtenus de pois, pois chiche, luzerne, bersim et trèfle violet, par des études morphologiques, compatibilité végétative, moléculaire et spécificité parasitaire. La caractérisation morphologique des conidies a révélé une grande variabilité de par la taille et la septation des conidies des différents isolats étudiés. Par ailleurs, certains isolats présentent une morphologie des conidies et une spécificité parasitaire différente de celle des espèces de Phoma connues à savoir, P. pinodella et P.m.var.medicaginis. Ils se sont montrés très polyphages contrairement aux espèces d’Ascochyta qui montrent un degré élevé de spécificité. L’étude de la compatibilité végétative n’a pas permis de mettre en évidence une grande variabilité, 2 groupes ont été mis en évidence entre 7 isolats (groupe de Phoma et un autre de Mycosphaerella). En revanche le marqueur moléculaire RAPD a montré une variabilité remarquable des profils générés par l’ensemble des isolats de la collection. Il a été possible de différencier les principales espèces d’Asochyta des Fabacées alimentaires d’une part, et de distinguer entre les deux espèces, P. pinodella et P.m.var.medicaginis d’autre part. Cette étude a confirmé la grande difficulté d’identification des espèces de Phoma qui sont souvent pathogènes sur plusieurs Fabacées et suggère l’existence d’au moins une espèce très polyphage différente des deux espèces de Phoma décrites habituellement et qui attaquent sévèrement le bersim.