Browsing by Author "GHIAT, Naouel"

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    Diversité génotypique et phénotypique des Phoma spp. et espèces apparentées pathogènes sur les Fabaceae : évaluation de la pathogénicité et de la gamme d’hôte - Cas du bersim (Trifolium alexandrinum L.)
    (2026-07-07) GHIAT, Naouel
    Les Phoma spp. et espèces apparentées constituent un complexe important d’agents phytopathogènes responsables des anthracnoses et des pourritures racinaires des Fabaceae. Leur identification demeure difficile en raison de la forte similitude morphologique entre les espèces et d’une spécificité parasitaire complexe. A cet effet, plusieurs objectifs ont été étudiés : (1) inventorier et caractériser les Phoma spp. et les espèces apparentées associées aux cultures des Fabacées alimentaires et fourragères en Algérie, avec un intérêt particulier pour le bersim, (2) évaluer la diversité génétique inter- et intraspécifique des populations fongiques identifiées, (3) caractériser par marqueurs phénotypique les espèces fongiques identifiées et évaluer leur pathogénicité. L’approche multilocus, basée sur l’analyse phylogénétiques des régions ITS, LSU et des gènes tub2 et rpb2 a permis d’identifier 5 genres : Phoma, Ascochyta, Didymella, Nothophoma et Boeremia et 14 espèces au sein de la famille des Didymellaceae. Parmi celles-ci, on peut citer P. herbarum, A. nigripycnidia, A. syringae, D. lethalis, B. exigua et N. pruni isolées du pois, de la luzerne et du bersim, observées pour la première fois en Algérie. L’analyse du polymorphisme nucléotidique par DnaSP a mis en évidence une diversité génétique contrastée entre les espèces étudiées. Les isolats d’A. medicaginicola et D. pinodella ont présenté les niveaux de diversité les plus élevés, traduisant une importante variabilité interspécifique, tandis que ceux d’A. nigripycnidia, ont montré une faible diversité génétique suggérant une structure plus homogène. Par ailleurs, les analyses haplotypiques et la construction des réseaux réalisées par PopArt, sur D. pinodella et A. nigripycnidia isolées du bersim ont révélé des structures génétiques distinctes. L’espèce D. pinodella présente un haplotype dominant largement distribué à l’échelle mondiale (Algérie, Asie, Europe), alors qu’A. nigripycnidia montre une diversité géographique plus marquée et un flux génétique limité. Sur le plan morphologique et cultural, une variabilité importante entre les espèces étudiées est constatée. La concordance globale entre les données morphologiques et phylogénétiques confirme l’intérêt d’une approche polyphasique pour l’identification des espèces appartenant aux Didymellaceae. Les essais de pathogénicité révèlent une forte variabilité des capacités infectieuses des 14 espèces sur les Fabaceae. Les espèces D. pinodella, D. pinodes et A. medicaginicola se distinguent par une forte agressivité, avec une capacité d’infection à la fois sur les organes aériens et souterrains. Par contre, les espèces D. pisi, D. fabae, A. nigripycnidia, D. lethalis, et P. rabiei présentent une agressivité intermédiaire et variable avec une spécificité plus marquée selon l’hôte ou l’organe. En revanche, B. exigua, A. syringae, P. herbarum et N. pruni montrent une faible pathogénicité et un spectre d’hôtes restreint. Ces résultats mettent en évidence une pathogénicité dominée par des espèces polyphages et fortement agressives dans les infections des organes aériens et souterrains. Le pathosystème bersim et les trois espèces A. nigripycnidia, D. pinodella et B. exigua a révélé une variabilité importante de l’agressivité et de la spécialisation d’hôte entre les espèces étudiées. En particulier, D. pinodella et A. nigripycnidia se sont montrées les plus agressives avec une grande capacité à infecter les parties souterraines. À l’inverse, B. exigua a montré une pathogénicité plus faible et un spectre d’hôtes plus restreint.