Caracterisation du citrus exocortis viroïd sur agrumes en Algerie

Abstract

Cette étude caractérise le Citrus exocortis viroid (CEVd) dans les vergers algériens afin d'évaluer la prévalence de la maladie et de développer des stratégies de résistance par le remplacement des porte-greffes. Menée sur sept saisons culturales (2009-2016) dans la région de la Mitidja, la recherche a combiné des approches biologiques et moléculaires pour évaluer la distribution du CEVd et ses relations génétiques. Des échantillons foliaires de multiples variétés d'agrumes ont été soumis à un indexage biologique sur indicateur Cédratier Etrog et à une inoculation mécanique sur une gamme d'hôtes herbacés et ligneux. Ces tests ont été réalisés sous conditions contrôlées de serre (3234°C) au laboratoire de virologie de l'Université de Blida 1. La caractérisation moléculaire à l'INRA de Corse a utilisé la RT-PCR en une étape, la RT-PCR avec amorces aléatoires et la PCR quantitative en temps réel (qPCR) pour une détection complète du viroïde. Les résultats de l'indexage ont démontré une prévalence globale du CEVd de 55,71%, avec une sensibilité variétale la plus élevée chez Thomson (40,60%), suivie des cultivars de citronnier et de Washington Navel. L'inoculation mécanique a révélé des taux d'infection de 33,80% chez les hôtes herbacés et 26,85% chez les hôtes ligneux. L'analyse moléculaire a confirmé la présence du CEVd dans 85,41% des échantillons par RT-PCR en une étape et 76% par qPCR. La caractérisation génétique indique une forte similarité entre les isolats algériens de CEVd et les souches de référence d'Espagne et de Corse. Ces résultats établissent une prévalence significative du CEVd dans les zones de production agrumicole algérienne et fournissent des données essentielles pour la mise en œuvre de porte-greffes résistants et de pratiques de gestion durable.