Contribution à l’étude de l’importance des virus des céréales en Algérie en particulier le Barley yellow dwarf virus (BYDV) : caractérisation sérologique, épidémiologique et moléculaire

Abstract

Les céréales sont sujettes à des viroses depuis fort longtemps et l’incidence économique de ces dernières a pris de l’importance ces dernières années. Parmi ces maladies le Barley yellow dwarf (BYD) qui compte aujourd’hui parmi les maladies les plus destructives des céréales à pailles. Durant trois années consécutives (2014-2015-2016) des prospections ont été menées, afin de rechercher les espèces de BYDV (BYDV-PAV et BYDV-MAV) ainsi que d’autres virus de céréales (WSSMV, SBWMV et BSMV) dans Sept régions d’Algérie (Alger, Boumerdes, Tipaza Médéa, Adrar, Khenchla et Batna). Un prélèvement de 2680 échantillons a été effectué sur des plants de différentes espèces de culture de céréales (blé, orge, avoine). Des échantillons de mauvaises herbes (ray-grass, Phalaris et folle avoine) et de repousses de céréales (orge, blé) ont également été prélevés. Des jaunissements sur culture d’orge et des rougissements sur culture de blé et d’avoine rappelant les symptômes causés par les espèces virales de la maladie de la jaunisse nanisante de l’orge ont été observés. Les pucerons vecteurs ont été également rencontrés sur les plantes présentant les symptômes. Il s’agit des deux espèces les plus efficaces dans la transmission du BYD : Rhopalosiphum padi sur feuille de blé et orge et Sitobion avenae sur épi de blé, ainsi que le puceron du cornouiller Anoecia corni trouvé sur racine de blé. Le criblage sérologique (DAS- ELISA), nous a permis de mettre en évidence la présence du BYDVPAV sur les différentes espèces de céréales : orge, blé dur, blé tendre et avoine, montrant ainsi que cette espèce virale est présente dans toutes les régions céréalières prospectées à travers le territoire national et l’absence des virus : BYDV-MAV, WSSM, SBWMV et BSMV. La présence du BYDV-PAV a été également confirmée par RT-PCR. En effet, Sept (07) échantillons positifs au test DAS-ELISA provenant d’Alger, Tipaza et Médéa sur blé, orge et avoine et ayant généré des amplicons de la taille attendue (740 nt) en utilisant les amorces spécifiques BYDV-PAV ont été séquencés et déposés au NCBI sous les numéros d’accès OU595691-OU595697. L’arbre phylogénétique construit avec 112 BYDV-PAV d’un fragment de 632 nt de la région gène CP et RTP a révélé que nos isolats sont rattachés à deux groupes distincts : le groupe I (ALG2, ALG7, ALG12 et ALG13) et le groupe III (ALG1, ALG3 et ALG4) indépendamment des hôtes.