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Contribution a la connaissance du genre Ascochyta : Cas particulier de l’étude biologique,ultrastructurale et cytochimique des relations hote-parasite chez le couple Pisum sativum L. / Assochyta pisi Lib
(Université pierre et marie curie PARIS 6, 1989-05-30) BOUZNAD, Zouaoui
Les virus associés à la jaunisse nanisante de l'orge (BYD) , des genres BYDV et CYDV , chez les céréales à paille en Algérie
(INA, 2001-05-17) BELKAHLA, Hadjira
Etude des pathovars de pseudomonas syringae epiphytes et pathogène du Poirier et du pommier
(INA, 2001-11-19) KERKOUD, Mohamed
Les bactéries de l’espèce Pseudomonas syringae sont impliquées dans des maladies de nombreuses plantes cultivées, par exemple le dessèchement bactérien fréquemment observé dans les principales zones de production de poires. Bien que n’entraînant qu’exceptionnellement la mort de son hôte, cette bactérie, de type nécrogène, est néanmoins responsable de nombreuses lésions nécrotiques sur bourgeons, fleurs, feuilles et fruits. Le pathovar syringae de cette espèce apparaît comme une composante permanente de la microflore épiphyte, qui peut atteindre des niveaux de population élevés et exprimer son pouvoir pathogène sous certaines conditions (sensibilité des plantes, conditions climatiques). Pour déterminer le rôle éventuel de P. s. pv. syringae (PSS) dans certains dégâts atypiques observés en verger ces dernières années, les populations bactériennes épiphytes d’arbres de vergers sains et de vergers ayant montré des dégâts importants ont été étudiées. Des variations quantitatives des populations épiphytes de PSS ont été observées au cours de l’étude, toutefois les niveaux de populations sont restés faibles et comparables dans les deux situations. La caractérisation phénotypique, pathologique et sérologique des isolats de Pseudomonas fluorescents collectés à partir de la microflore montre l’existence d’une variabilité qualitative forte de cette population et une présence limitée des pathovars de P. syringae. PSS est souvent présent sur Poirier, mais ne semble pas associé aux dégâts signalés malgré la présence d’isolats potentiellement pathogènes. L’étude étendue à la microflore du Pommier a permis de déceler des isolats particuliers de P. syringae appartenant au pathovar papulans (PSP). Cette bactérie est connue comme responsable de la tache vésiculaire ou papule (blister spot) de la pomme, maladie qui affecte particulièrement les pommes du cultivar Mutsu, dans la région Est des Etats Unis d’Amérique, au Canada et en Italie. En France cette maladie n’a jamais été décelée. La caractérisation phénotypique, sérologique et moléculaire (BOX-PCR, ERIC-PCR et REP-PCR) de ces isolats a montré une grande similitude avec les souches de PSP isolées de taches vésiculaires de pommes originaires des Etats Unis d’Amérique, du Canada et d’Italie. De plus, des symptômes identiques ont été obtenus avec nos isolats, et avec les souches de PSP, après inoculation de fruits immatures du cultivar Fuji, et après infiltration de jeunes feuilles des cultivars Fuji, Mutsu, Gala et Golden Delicious. Les isolats réobtenus à partir du symptôme caractéristique de papule développé sur pommes et sur feuilles au laboratoire ont satisfait au postulat de Koch. Nous avons également développé un outil de diagnostic basé sur la méthode PCR, par l’identification de séquences nucléotidiques spécifiques en comparant les séquences des gènes hrp de PSP et de différents pathovars de P. syringae. La sonde identifie uniquement nos isolats et les souches de PSP. Ainsi, de nouveaux critères d’identification ont été définis dans notre étude. A la suite de nos travaux il a été possible de confirmer que des symptômes observés en Allemagne sur la variété Delbarestivale sont bien dus à PSP.
Etude de la pollution plombique et globale dans la région d'Alger, en utilisant les lichens comme indicateurs biologiques
(INA, 2003-06-24) RAHALI, Mohammed
Etude de différents milieu de culture, de substances de croissances et de salinité sur la morphogenèse de l’Atriplex halimus
(INA, 2003-10-01) BENREBIHA, FATIMA ZOHRA
Les Atriplex de part leur pérenité et leur résistance aux contrainte du milieu notamment à la salinité et à la sécheresse peuvent constituer dans les régions aride et semi-aride un moyen de mise en valeur et lutte contre la désertification. La diminution des stocks de semences dans le sol par divers facteur, notamment les aléas climatiques et l’inhibition de la germination des graines rendent la propagation par semis de cette espèce à la fois faible et aléatoire. L’expérimentation a porté sur la recherche d’un milieu de culture adéquat pour une meilleure micropropagation. L’effet des hormones de croissance (Auxines, cytokinines et 2-4D) et de la salinité ont également été testés Les résultats obtenus ont montré que le milieu GAMBORG, favorise l’induction à la callogenèse et le milieu MURASHIG et SKOOG, favorise la production foliaire, la longueur de tige et de la racine principales. L’aptitude des différents types d’explants à la callogenèse et la formation de cals embryogènes varie en fonction des concentrations en auxines et cytokinine combiné et également en fonction du types d’auxine et cytokinine utilisé, les meilleures combinaisons qui ont permis aux différents explants d’exprimer leur pouvoir callogène sont l’AIA- Kinetine et 2,4-D-Kinetine pour le milieu GAMBORG et 2,4-D-Kinetine pour le milieu MURASHIGE et SKOOG. L’étude des diverses concentration ne sel sur la croissance des plantules in-vitro et in-vivo, ont révélé que la concentration 5g/l de NaCl stimule la croissance des différents paramètres étudiés ( Nombre de paire de feuilles, longueur de la tige et de la racine principale), mais à partir de 20g /l de NaCl la croissance diminue considérablement. La teneur en proline augmente progressivement en fonction de la concentration en NaCl et varie selon des organes la plus grande concentration est obtenu a 40g/l.
Étude taxonomique et des propriétés antagonistes des Streptosporangium des sols sahariens
(INA, 2007-12-02) BOUDJELLA, Hadjira
L’analyse de 30 échantillons de sols sahariens algériens par des techniques sélectives, a permis d’isoler 73 souches de Streptosporangiaceae à sporanges dont 31 appartiennent au genre Streptosporangium, 37 à Planomonospora et 5 au genre Planobispora. Sur la base d’une étude morphologique, les 31 isolats de Streptosporangium ont été classés dans six groupes morphologiques. Ils ont également fait l’objet d’une étude préliminaire de leurs propriétés antagonistes. Ces deux dernières études ont permis de sélectionner 3 isolats de Streptosporangium pour une étude détaillée de leur taxonomie et de leurs antibiotiques. Ces 3 isolats, désignés Sg3, Sg163 et Sg10 présentent une morphologie différente de celle des espèces de référence de ce genre et des activités antimicrobiennes intéressantes. Les études morphologiques et chimiques ont permis de confirmer l’appartenance des isolats au genre Streptosporangium. La détermination des espèces fut basée sur des critères physiologiques et moléculaires. La comparaison de leurs caractéristiques physiologiques avec celles des espèces valides de Streptosporangium ne nous a pas permis de les identifier. L’analyse de la séquence 16S de l’ADNr de chacun des trois isolats indique des pourcentages de similarité variant entre 96,3 et 98,8 avec les espèces valides de Streptosporangium. Les analyses phylogénétiques indiquent clairement que chacun des trois isolats se distingue l’un de l’autre et des autres espèces de Streptosporangium, suggérant la présence de trois nouvelles espèces. La production d’antibiotiques par les trois isolats est évaluée sur différents milieux de culture, en utilisant Mucor ramannianus, Saccharomyces cerevisiae, Micrococcus luteus et/ou Bacillus subtilis comme microorganismes cibles. Les résultats obtenus ont montré que les trois isolats produisent des activités antifongiques, antibactériennes ou encore antilevuriennes. Cette production est meilleure dans le milieu ISP2. Chacun des 3 isolats sécrète entre 4 et 24 antibiotiques, qui se présentent sous forme de complexes d’antibiotiques chimiquement proches entre eux. Leur localisation par bioautographie révèle 4 zones actives pour chacun des isolats dont l’une est présente dans la phase aqueuse pour Sg3 et Sg163. Les fractions actives ont été ensuite purifiées sur plaques épaisses de gel de silice ou sur colonne de gel de Séphadex LH-20 et par HPLC (colonne C18). Des révélations chimiques et des études spectroscopiques (UV-visible, infrarouge, masse, 1H et 13C RMN) ont été réalisées pour les antibiotiques purs et semipurs. Les spectres UV-visible des molécules étudiées indiquent l’absence de polyènes. Les résultats de ces études indiquent également que nos 3 isolats produisent des antibiotiques appartenant à différents groupes, notamment ceux des angucyclinones, des aminosides et des aromatiques glycosylés. Ces molécules, de par leurs caractéristiques physicochimiques et spectroscopiques, se distinguent nettement de celles décrites dans la littérature. La caractérisation de huit antibiotiques rouges de l’isolat Sg3 montre qu’ils sont très proches entre eux et suggère leur appartenance à un même groupe. La structure de l’antibiotique majoritaire R2.2 a été déterminée. Il s’agit d’une angucyclinone, un groupe d’antibiotiques polykétides aromatiques proche des anthracyclines et des tétracyclines et caractérisé par une structure de 4 cycles aromatiques accolés d’une manière asymétrique. L’antibiotique R2.2 est différent de toutes les angucyclinones décrites dans les ouvrages des produits bioactifs et représente une nouvelle molécule.
Etude des populations d’olivier de Laperrine (Olea europaea subsp. laperrinei) du Sahara central algérien (Hoggar et Tassili)
(INA, 2007-12-03) BAALI-CHERIF, Djamel
Etude sur les populations d’olivier de Laperrine (Olea europaea subsp. laperrinei Batt. & Trab.) du Sahara central algérien (Hoggar et Tassili) : Aspects biologiques et caractérisation moléculaire L’olivier de Laperrine (Olea europaea subsp. laperrinei) est une Oleaceae endémique des régions montagneuses du Sahara Central vivant en altitude (1400-2800 m) où les précipitations annuelles moyennes sont de 50 à 100 mm. En Algérie, elle est présente dans les massifs du Hoggar, du Mouyedir, du Tefedest et du Tassili n’Ajjer. Les populations de ce taxon relique sont en régression depuis les changements climatiques du Pléistocène. De plus, cette sous-espèce n’a montré aucune trace récente de régénération naturelle, et de ce fait, elle est menacée localement de disparition, ce qui justifie qu’elle doit bénéficier d’urgence d’un programme de préservation. Des études sur plusieurs aspects biologiques (biogéographie, écologie, caractères botaniques, histoanatomie, germination et caractérisation moléculaire par des microsatellites) ont été effectuées sur un nombre d’échantillons relativement exhaustif et couvrant une grande région de notre Sahara central (Hoggar et Tassili) pour mieux connaître ce taxon en vue de le multiplier à grande échelle. Nos résultats confirment que les oliviers du Sud et du Nord de l’Algérie sont phénotypiquement et génétiquement différenciés, bien qu’ils soient probablement sexuellement compatibles. Sur la base de ces résultats, l’olivier de Laperrine doit être considéré comme une sous espèce du complexe O. europaea. Les effectifs de ce taxon dans le sud algérien dépassent quelques centaines de pieds, voire quelques milliers. Grâce à son mode de reproduction asexuée actuel (croissance clonale), ce taxon appartenant à de petites populations, peut maintenir une relativement grande diversité génétique depuis des millénaires et lui évitant une érosion génétique qui aurait eu lieu lors des générations de reproduction sexuée. Devant l’extrême sécheresse prolongée de l’environnement local et le broutement par les animaux, l’olivier de Laperrineadopte une autre stratégie de survie en se rabougrissant sous forme de buissons. Les essais de multiplication par semis donnent des résultats satisfaisants. Cependant, il est encore nécessaire de déterminer si ce mode de multiplication favorise une régression de la diversité génétique due au faible nombre d’individus capables de se reproduire dans les populations. Le bouturage pourrait donc être un moyen alternatif de multiplier le taxon à grande échelle, car de plus, il préserve les qualités génétiques d’adaptation au milieu local.Il est donc possible de réhabiliter l’olivier de Laperrine dans son milieu naturel en le multipliant à grande échelle. Pour cela, il sera nécessaire d’établir des programmes de sauvegarde soutenus par suffisamment de moyens matériels (pépinières, vergers de culture et de comportement…).
L'écosystème côtier en Algérie: phytosociologie, symphytosoclologie et intérêtpatrimonial des végétations littorales du Secteur algérois
(2008-12-17) KHELIFI, Houria
L'étude, consacrée aux phytocœnoses du littoral algérois, est abordée par une approche phytosociologique et symphytosociologique et une analyse de la phytodiversité dans un but conservatoire. Le premier chapitre traite des caractéristiques biophysiques de la zone d'étude, à savoir le climat, la lithologie, la flore et la végétation. Le deuxième chapitre est consacré aux méthodes d'échantillonnage et aux traitements des données. 254 relevés floristico-écologiques comportant 172 espèces et 10 relevés paysagers ou géosigrnarelevés ont été réalisés suivant les méthodes d'échantillonnage sigrnatistes. Les relevés ont été traités successivement par l'analyse factorielle des correspondances (AF.C.), complétée par une classification ascendante hiérarchique ou C.A.H. et par les méthodes phytosociologique et symphytosociologique. Dans le troisième chapitre l'AF.C. globale et les analyses partielles successives ont conduit à l'individualisation de groupements inféodés aux classes des CrithmoLimonietea, Salsolo-Cakiletea, Salicornietea fruticosae, Euphorbio-Ammophiletea, Helianthemetea guttati, Saginetea maritimae et Quercetea ilicis. Le quatrième chapitre traite de la syntaxonomie des phytocœnoses naturelles où 31 phytocœnoses représentées par 18 associations végétales, dont cinq nouvelles, 12 sous-associations et un groupement ont été décrits. L'étude symphytosociologique, présentée dans le cinquième chapitre, révèle trois complexes paysagers : un géosigrnetum des falaises et dalles lapiazées renfermant six associations végétales, un géosigmetum des falaises escarpées du Chenoua avec une association et trois groupements végétaux et un géosigmetum propre aux cordons dunaires renfermant six associations végétales. L'analyse et la conservation de la phytodiversité, présentée dans le chapitre six montre une diversité phytogéographique et une richesse taxonomique élevée. Une liste de 29 espèces, 6 syntaxons des habitats sableux et 8 syntaxons des habitats rocheux considérés comme rares et de haute valeur patrimoniale méritant des mesures conservatoires a été mise en évidence.
Recherche de l’effet antagoniste de Trichoderma spp. à l’égard de Fusarium oxysporum f.sp. ciceris (Padwick) Matuo et K. Sato (Foc), agent du flétrissement du pois chiche
(2009-05-02) Boureghda, Houda
Le flétrissement fusarien causé par Fusarium oxysporum f.sp.ciceris (Padwick) Matuo & K. Sato (Foc) est considéré comme étant la maladie transmise par le sol, la plus importante sur pois chiche à travers le monde. Le moyen de lutte le plus efficace et économique contre cette maladie est l’utilisation de cultivars résistants. Cependant, cette méthode est limitée par la grande variabilité pathologique du Foc. L’objectif de cette étude est la recherche d’agents antagonistes du Foc. Nous avons ciblé des isolats appartenant au genre Trichoderma. Le genre Trichoderma avait été introduit à l’origine par Persoon en 1794, mais la taxonomie et l’identification de ses espèces est restée incertaine jusqu'à ces dernières années. Les caractéristiques morphologiques sont douées d’une grande plasticité et la taxonomie basée uniquement sur les critères morphologiques chez le genre Trichoderma n’est pas suffisante. Le recours au séquençage de gènes restés hautement conservés chez les champignons, peut lever certaines confusions et clarifier la taxonomie chez les isolats de Trichoderma spp. Ainsi pour certains isolats étudiés, si le séquençage de la région ITS (ITS1, 5.8 et ITS2) laisse encore une certaine ambiguïté, en revanche, le séquençage du gène EF-1α a clarifié l’appartenance de chaque isolat à une espèce donnée. L’amplification de l’ADN par RAPD a mis en évidence d’une part la présence d’une diversité génétique au sein des espèces de Trichoderma spp. utilisées et d’autre part la présence de bandes spécifiques des espèces de T. longibrachiatum et T. atroviride, montrant ainsi que cet outil est utile dans l’identification des Trichoderma spp. L’étude et la comparaison de l’efficacité des isolats appartenants aux espèces antagonistes T. atroviride, T. harzianum et T. longibrachiatum in vitro et in vivo contre le Foc, a montré que in vitro une réduction significative de la croissance et de la sporulation du Foc est obtenue sous l’effet des isolats de Trichoderma spp. par rapport au témoin. Le traitement de la semence par les isolats de Trichoderma spp. avant le semis dans un sol préalablement infesté par le Foc a abouti à une réduction significative de l’indice de maladie par rapport au témoin non traité. L’indice de maladie le plus faible est obtenu avec l’isolat T. atroviride (Ta.3), avec un pourcentage de réduction de 83.92 % de l’indice de maladie par rapport au témoin contre le pathotype de flétrissement. Les isolats les plus efficaces dans la protection des plants de pois chiche contre la maladie sont les trois isolats de l’espèce T. atroviride (Ta.3, Ta.7, et Ta.13) ainsi que l’isolat T. harzianum (Th.16). Parallèlement à la réduction de l’incidence de la maladie, une stimulation de la croissance végétale du pois chiche est observée concernant la hauteur de la tige, le poids frais et le poids sec de la partie aérienne sous l’effet des isolats de Trichoderma spp. utilisés. Les résultats relatifs à l’analyse et l’évaluation de la production de deux enzymes chitinolytique, la glucosaminidase et la chitobiosidase et d’une enzyme glucanolytique, la glucanase chez l’ensemble des 18 isolats de Trichoderma spp. dont l’activité antagoniste a été mise en évidence contre le Foc ont montré que les enzymes chitinolytiques étudiées (glucosaminidase et chitobiosidase) n’ont pas le même mécanisme d’induction, et peuvent êtres induites et inhibées différemment, où le même produit peut induire l’une et inhiber l’autre. Ainsi, la chitobiosidase est inhibée par le saccharose et le glycérol alors que la glucosaminidase est induite. L’existence d’une différence dans le mécanisme d’induction de la même enzyme (glucanase) entre les trois espèces étudiées est également montrée. Le glycérol induit la glucanase chez T. harzianum et l’inhibe chez T. longibrachiatum et T. atroviride. Une variabilité dans la production des enzymes étudiées avait été démontrée au sein des isolats appartenant à la même espèce. La comparaison de l’activité enzymatique des isolats de Trichoderma spp. sur milieu SM + chitine avec l’activité antagoniste in vivo, a montré que une bonne activité enzymatique in vitro n’est pas obligatoirement associée à une bonne activité antagoniste.
Etude de la tache bronzée du blé en Algérie
(2012-07-02) BENSLIMANE, Hamida
La tache bronzée du blé causée par Pyrenophora tritici-repentis est devenue une des maladies foliaires du blé les plus présentes en Algérie. Une prospection des différentes zones céréalières du pays a été réalisée sur les cultures de blé durant trois campagnes agricoles. Elle a permis de collecter 214 échantillons au niveau de 66 localités dans les 15 Wilayas et de construire une collection d’isolats de P. tritici-repentis. La caractérisation morphologique d’un ensemble d’isolats en considérant les mensurations des spores et la croissance radiale des cultures à différentes températures, a montré l’existence d’une différence très hautement significative entre les isolats étudiés. Celle-ci, a touché la longueur de la spore et le nombre de ses septa. L’optimum de croissance est atteint pour la plus part des isolats à 25°C. Les inoculations artificielles ont révélé la présence dans nos champs de six races différentes 1, 4, 5, 6, 7 et 8, avec une prédominance des races 1 et 7. Quatre races (1, 4, 7 et 8) sont rapportées pour la première fois en Algérie. La présence d’un nouveau profil de virulence qui ne correspond à aucune des 8 races connues à ce jour a également été notée. Ce qui révèle la présence dans nos zones céréalières d’une nouvelle race (proposée comme race 9). L’amplification des gènes de virulence ToxA et ToxB chez l’ensemble des isolats inoculés nous a permis de conclure que pour 48 isolats sur les 55 étudiés, la caractérisation phénotypique correspond à la caractérisation génotypique. Pour le reste des isolats, l’expression de l’un des deux symptômes (Chlorose ou nécrose) en absence du gène responsable de la synthèse de la toxine correspondante au symptôme exprimé, suggère la présence de nouvelles toxines chez ces isolats, encore inconnues. La recherche des gènes ToxA et ToxB chez les isolats ayants montré un nouveau profil de virulence a révélé la présence des deux gènes malgré l’absence des symptômes habituellement induits par leur produits. Ceci laisse supposer l’existence d’homologues pour ces deux gènes non connus encore. La résence d’un homologue de ToxA chez l’espèce P. tritici-repentis est une première. Le séquençage des amplicons et l’alignement des séquences obtenues pour chacun des deux gènes et leur comparaison avec les séquences de référence des gènes ToxA et ToxB, ne montre aucune différence pour la région analysée. La synthèse des deux toxines, produits des gènes ToxA et ToxB, pourrait être affectée par l’un des différents facteurs contrôlant la biosynthèse d’une protéine chez les organismes eucaryotes. L’analyse de la diversité génétique de 61 isolats provenant de différentes régions céréalières du pays et appartenant à différentes races a été effectuée grâce à la techniques fAFLP. Pour ce faire 78 couples amorces ont été testé et 12 sélectionnées pour l’étude. Une importante variabilité génétique a été mise en évidence. Aucune corrélation n’a été trouvé entre la diversité génétique et le type de race, l’espèce hôte ou l’origine géographique. Un isolat ayant montré le nouveau profil de virulence s’est clairement distingué sur le plan moléculaire
Taxonomie et antagonisme des actinomycètes halophiles d’origine saharienne et caractérisation des composés bioactifs sécrétés par Actinoalloteichus sp. AH97
(2012-11-28) BOUDJELAL-BENCHEIKH, Farida
Dynamique spatio-temporelle de l'eutypiose et l'esca de la vigne dans le Sahel algérois
(2013-01-17) BERRAF-TEBBAL, Akila
Les maladies du bois, en particulier l’esca et l’eutypiose, sont considérées parmi les plus graves affections de la vigne, car elles affectent laproductivité etlalongévitédes vignobles. En Algérie, peu de connaissances existent quant à l’importance et à l’étiologie de ces maladies. Une étude épidémiologique conduite au niveau de dix vignobles, où 5000 ceps ont été suivis durant trois années consécutives, a montré la présence de symptômes typiques de l’eutypiose et de l’esca. Elles se caractérisent par des formes plus ou moins sévères allant jusqu’à l’apoplexie ou par des formes lentes conduisant à l’affaiblissement progressif de la plante, pour aboutir à la mort d’une de ses parties, puis à sa totalité. La présence des symptômes typiques d’eutypiose a été observée dans l’ensemble des parcelles à des taux qui varient de 2,8% à 21%; en moyenne 11,5% des ceps étaient atteints.Les symptômes de l’esca ont également été observés dans toutes les parcelles avec des taux allant de 0,4% à 4,4% avec un taux moyen de 1,9%. La mortalité a atteint 27,5% ; signifiant que plus d’un quart des vignes était absent. L’analyse de la dynamique spatio-temporelle des données épidémiologiques a montré que l’eutypiose est la principale maladie du bois en expression des symptômes et en nuisibilité dans les différentes parcelles, c’est aussi l’une des principales causes de la mortalité observée durant les trois années. Les tests statistiques de l’analyse du nombre de lien utilisée pour l’étude de l’association spatiale de la mortalité et l’expression des symptômes d’eutypiose et d’esca, a montré une répartition aléatoire des ceps morts ou malades. Toutefois une agrégation a été notée dans certaines parcelles, pour les ceps eutypiés mais limitée au ceps directement voisin sur le rang. L’analyse de 200 ceps exprimant les symptômes d’eutypiose et d’esca, montre plusieurs types de nécroses dans le bois; la nécrose brune et dure en position sectorielle est la plus rencontré avec 59,5%. Les isolements réalisés à partir de ces différentes lésions vasculaires, ont permis d’établir une collection de 368 isolats. Une relation entre les nécroses du bois et chaque agent fongique isolé a été mise en évidence. La caractérisation taxonomique de l’ensemble des isolats obtenus grâce au génotypage par la technique MSP-PCR (Microsatellite-Primed PCR)a permis d’organiser chacun des genres, en groupes homogènes suivant leurs empreintes génétiques. Les analyses phylogénétiques et phénotypiques ont mis en évidence l’implication, dans ces pathosystèmes, de 15 espèces, isolées à différentes fréquences. Quatre espèces appartenant au genre Phaeoacremonium (30,5%)à savoir, Pm aleophilum, Pm parasiticum, Pm venezuelense et Pm hispanicum, identifiées sur la base des séquences des gènes de la β-tubuline et de l’actine.Eutypa lata agent de l'eutypioseet Phaeomoniella chlamydospora sont les seules espèces appartenant respectivement aux genres Eutypa (30%) et Phaeomoniella (60%),identifiées sur la base des séquences ITS. Six espèces appartenant à la famille des Botryosphaeriaceae (52%) ont été identifiées sur la base des séquences des gènes ITS et du facteur d’élongation EF-1α, à savoir, Diplodia seriata, Lasiodiplodia sp., Neofusicoccum parvum, Neofusicoccum australe, Neofusicoccum mediterraneum et Botryosphaeria dothidea. Trois espèces appartenant aux Basidiomycètes (11,5%)ont été identifiées sur la base des séquences ITS, à savoir, Fomitiporia mediterranea, Phellinus mori et Fomitiporella spp..
Interactions dynamiques insectes-mycoflore et leur influence sur la qualité du blé en cours de stockage
(2013-04-11) FOURAR BELAIFA, Rebiha
L’étude des déterminants de la sensibilité des espèces et variétés de céréales actuellement cultivées, à l’infestation par les insecte granivores stricts et à des conditions de stockage critiques, a été abordée sous deux angles d’approche différents : a) une analyse comparative de sensibilité du blé dur, du blé tendre et du triticale aux attaques de l’insecte majoritaire des stocks de céréales, Sitophilus oryzae L. ; b) une approche systémique de la cinétique de détérioration qualitative du blé panifiable sous l’influence de conditions de conservation à risque modulé et de l’attaque de l’insecte granivore strict. L’analyse comparative a été réalisée sur céréales produites localement dans les mêmes conditions de culture, afin de caractériser la sensibilité spécifique et variétale chez les trois espèces céréalières aux attaques de S. oryzae et d’analyser les interactions entre l’état physico-chimique des grains et la dynamique des populations de l’insecte. Une tolérance relative à l’attaque de S. oryzae, lorsque l’humidité relative est basse, a pu être mise en évidence, en particulier avec le blé dur, qui s’est révélé réfractaire à l’infestation dès que la teneur en eau des grains s’abaisse au-dessous de 12%. Lorsque l’humidité relative n’est pas un facteur limitant pour le développement de l’insecte, l’étude comparative a révélé des différences de sensibilité, tant spécifiques que variétales. La seconde partie a visé à mettre en évidence, par une approche expérimentale « systémique », les interactions entre l’évolution de l’état physico-chimique des grains stockés, l’infestation par S. oryzae et l’ensemble des critères qualitatifs déterminant la qualité sanitaire. L’étude multi-critères a été construite à partir de trois variétés de blé tendre cultivées en France couvrant ses principales utilisations industrielles : biscuiterie, pâtisserie et panification. L’évolution des populations d’insectes et des principaux indices et indicateurs de détérioration sanitaire ont été suivis à partir d’échantillonnage périodique sur une durée de stockage de 160 j. L’évolution des caractéristiques rhéologiques des farines extraites a été déterminée par une comparaison des paramètres rhéologiques en début et en fin de stockage. Le critère sanitaire a été approfondi au niveau microbiologique par l’étude cinétique de l’interaction insectes-mycoflore-grain. Les principales variables explicatives liées aux indices de détérioration qualitative, ainsi que leurs interactions, ont pu être extraites par analyse statistique multifactorielle (ACP). Il est ressorti que la plus grande part de la variance des indices caractérisant la cinétique de l’évolution qualitative du blé est dépendante de quatre variables clés : durée de stockage, teneur en eau des grains, densité d’insectes internes aux grains et nombre de propagules par g de grain. Le taux d’accroissement des populations d’insectes, influencé par la variété, s’est révélé corrélé avec la durée de stockage et la teneur en eau, mais pas avec la dureté des grains. Une variété s’est démarquée par sa capacité d’absorption de l’humidité relative (H.R.), notablement plus élevée que celle des deux autres, ce qui a entraîné une infestation et une contamination microbiologique particulièrement élevées en fin de période de stockage. En condition d’H.R. élevée, la capacité germinative a diminué pour toutes les variétés. Le nombre de propagules par g de grain a augmenté d’une façon significative au cours du stockage, alors que le pourcentage de grains contaminés par la flore fongique a régressé dans le temps, montrant que l’évolution du cortège des espèces fongiques reste indépendante des fluctuations observées pour les autres variables. Les autres critères de détérioration qualitative ont été plus lents à évoluer que la capacité germinative qui s’est avérée sensible à l’effet nuisible de la prolifération de la contamination fongique globale. Ce critère de baisse de la capacité germinative a été validé en tant qu’indice précoce d’une détérioration par les espèces fongiques de la flore « intermédiaire » et de stockage. Au niveau technologique, peu de critères ont varié significativement ou seulement en fin de période de stockage. L’ensemble des nouveaux éléments de connaissance obtenus devrait être utile pour la construction de stratégies de protection intégrée de la qualité sanitaire des grains au cours du stockage de longue durée, mieux adaptées aux caractéristiques variétales et à leur lieu de culture.
Assainissement et régénération des plantes d'Agrumes par l'Embryogenése somatique à partir de la culture de stigmate et style
(2013-12-17) MEZIANE, Malika
L’embryogenèse somatique issue de la culture in vitro de style et stigmate est l’une des méthodes les plus efficaces dans la régénération de la plupart des espèces d’agrumes du genre Citrus, sans l’induction de la variation somaclonale. En outre, elle s'avère très efficace dans l’élimination des plus importantes maladies virales et de types virales affectant les agrumes. Cette technique a été appliquée sur 35 génotypes de différentes espèces de la collection nationale des agrumes, ([Citrus sinensis (L.) Osbeck, C. limon (L.) Burm, C. reticulata Blanco, C. paradisi Macfad, C. reshni Hort. ex Tan., C. jambhiri Lush et C. maxima (Burm.) Merrill]). Les génotypes sources de fleurs, ont été testés pour la présence des principaux virus et virus similaires par l’utilisation de techniques biologiques, sérologiques et moléculaires. La plupart des génotypes ont été infectés principalement par des virus et viroïdes. Des pistils ont été mis en culture in vitro pour l’obtention d’embryons somatiques. Les cals se sont formées à la base du style. L’embryogénèse survient 38 à 150 jours après la culture initiale. L’Acclimatation in vivo des plantules régénérées a été réalisée par un greffage sur porte greffe. Après l’évaluation de l’état sanitaire, aucun virus, viroïde et virus similaires présents dans les plants mère n’a été détecté dans les plants régénérés par l’embryogénèse somatique. Afin de vérifier la stabilité génétique des plantes régénérées, une quinzaine de régénérants ont été choisis au hasard parmi différents génotypes pour l’évaluation de la variation somaclonale par l’analyse d’empreintes génétiques ISSR (inter-simple sequence repeat).
Étude de la florealgale des côtes algériennes
(ENSA, 2015-02-11) OULD-AHMED, Nora
Cette étude, réalisée sur 12 sites, étendus sur le littoral algérien, constitue une contribution à la connaissance de la flore algale marine de l’Algérie qui est aussi riche que peu explorée. Sur le plan floristique, 260 espèces ont été identifiées dont 10 sont nouvelles pour la flore algaledes côtes algériennes. 11 espèces sont introduites en Méditerranée dont 5 sont invasives. Les résultats obtenus, par le calcul des paramètres analytiques et synthétiques,mettent en évidence une prédominance des Rhodobiontes,un rapport R/P global de 2.54, une richesse des espèces photopiles et à moindre écart les sciaphiles. L’affinité biogéographique de la flore étudiée est essentiellement de type Atlantique, résultant de l’entrée des eaux atlantiques, en Méditerranée, par le détroit de Gibraltar.L’indice de similitude de Sorensen a permis de déterminer une affinité entre les iles-Habibas, Parcs de Taza et Gouraya. Ce résultat se confirme par l’analyse factorielle des correspondances (AFC) qui a permis de délimiter un groupe commun pour ces 3 sites (en plus de Kouali). Ce groupe se distingue par sa communauté algale bien structurée, homogène, relativement équilibrée et non polluée. Ces sites abritent en effet des espèces, paysages et peuplements marins qui constituent un véritable patrimoine naturel qui mérite un statut de conservation. L’étude phytosociologique du rejet thermique (Arzew) sur le phytobenthos superficiel révèledes valeurs faibles du nombre d’espèces et du recouvrement, et un rapport R/P élevé près de l’effluent thermique, où les Chlorobiontes (Ulvales) prédominent et les Chromobiontes dont les Cystoseires, sont très rares, voire absentes. La même étuderéalisée en profondeur met en évidence une végétation « pauvre » dominée par une espèce thermophile : Caulerpaproliféra. Le nombre d’espèces est faible dans les relevés avoisinant le rejet thermique, où parfois cette espèce est seule présente. Le recouvrement total est au profit de cette algue (100%). Les quelques espèces associées sont surtout à affinité chaude. Les résultats phytosociologiques du peuplement à C.racemosa montrent un nombre d’espèces associées très faible, notamment en été, où cette espèce enregistre le maximum de son recouvrement. C’est la résultante de son expansion durant cette saison. La flore associée est principalement composée de Corallinaceae et de quelques Céramiales. Cette étude confirme nos observations sur terrain où cette espèce est actuellement envahissante au niveau de l’aire étudiée (Sidi-Fredj). L’analyse phytosociologique de la flore algale épiphyte des feuilles à Posidonia oceanica (Kouali) marque une richesse spécifique qualitativement dominée par les Rhodobiontes (Ceramiales) et quantitativement par les Chromobiontes (Ectocarpales). Un gradient décroissant du nombre d’espèces épiphytes est noté en fonction de la profondeur, ce qui est lié à la diminution de la lumière. L’étude phylogénétique a permis de confirmer l’identification taxonomique de 5 espèces du genre Cystoseira dont les séquences (LSU rDNA) de 4 espèces sont inédites (C. compressa, C. crinita, C. amentacea var. stricta et C. barbata) et celles d’une espèce (C. tamariscifolia) ne sont connues, jusque-là, que pour des exemplaires de l’Atlantique. L’extraction des alginates sur les Phaeophyceae révèle des rendements relativementfaibles mais avec un très bon pouvoir gélifiant. L’agar extrait des Floridiophyceae, vu sa force de gel, se situe dans l’intervalle des agars qualifiés de « haute qualité » ; sa température de gélification et de fusion se rapprochent de celles enregistrées sur l’agar bactériologique.
Evaluation de la tolérance à la contrainte saline chez quelques variétés de féverole (Vicia faba L. minor) cultivées en Algérie
(2015-03-17) CHAKER-HADDADJ, Assia
L’effet du NaCl sur la germination, la croissance, la fixation symbiotique de l’azote et les composantes du rendement, a été étudié pour évaluer la réponse de quatre variétés de féverole (Vicia faba L minor), Castel, Maya, Espresso et Sidi Aich vis à-vis de la salinité. L’objectif étant de contribuer à la mise au point d’un test de sélection pour l’amélioration de la féverole sous contrainte saline. Les résultats de la germination montrent que les graines des variétés Espresso, Maya et Castel, n’ont pas été affectées par le stress salin à des concentrations inférieures et égales à 250 mM NaCl ; contrairement à la variété Sidi Aich qui présente une sensibilité à partir de 150 mM NaCl. L’effet du stress salin se traduit par un effet dépressif sur tous les paramètres de croissance (hauteur des plants, surface foliaire, nombre de feuilles et de ramifications ainsi que le poids sec total), de la nodulation (nombre de nodule/plant et poids sec de nodule) et de la fixation symbiotique d’azote (activité nitrogénase). Cet effet varie en fonction de la concentration en NaCl et de la variété. Les pigments chlorophylliens et les caroténoïdes sont également réduits. Les variétés Castel et Maya enregistrent en présence de 100 mM NaCl des baisses de poids sec de 84%, tandis que les variétés Sidi Aich et Espresso moins affectées, montrent des baisses inférieures à 60% par rapport au témoin. Une augmentation des teneurs en proline chez les 4 variétés est enregistrée, notamment à 100mM NaCl chez les variétés Sidi Aich et Espresso. Par ailleurs, les variétés Castel et Maya accumulent plus d’ions Na+ dans leurs feuilles et dans leurs racines que les autres variétés. Elles enregistrent un taux de survie de 40%, à 100 mM NaCl alors que le double (80% de survie) est notée chez les variétés Sidi Aich et Espresso. Á cette concentration, les variétés Castel et Maya affichent des baisses de poids de 100 graines de 66% et 84% respectivement, contre une baisse de 42% et 46% chez Espresso et Sidi Aich respectivement. L’analyse en composantes principales sous les différents traitements salins fait ressortir deux groupes, l’un tolérant au sel comprenant les variétés Sidi Aich et Espresso, l’autre concernant les variétés Castel et Maya sensibles au sel. En effet, les variétés Sidi Aich et Espresso présentent des teneurs en pigments chlorophylliens moins affectées par le sel, une meilleure production de matière sèche, des teneurs en Na+ plus faibles dans les feuilles, une meilleure capacité de survie, des teneurs en proline plus élevées et un meilleur rendement. De ce fait ces caractères pourront servir de critère de sélection pour la tolérance au sel chez la féverole. L’analyse numérique des profils phénotypiques des souches testées montre que les 4 variétés de féverole soumises à différentes concentrations en sel sélectionnent des souches diversifiées. Ceci nous permet toutefois de sélectionner avec précision les bonnes souches pour tout essai d’inoculation et ce dans le but de favoriser la fixation symbiotique de l’azote et par conséquent d’améliorer la production durable de cette culture sous contrainte saline.
Essais de lutte biologique contre le mildiou de la pomme de terre en Algérie
(ENSA, 2015-09-28) MESSGO-MOUMENE, Saïda
Le mildiou de la pomme de terre connait une recrudescence, suite à l’apparition récente de souches agressives de Phytophthora infestans résistantes aux fongicides systémiques du groupe des phenylamides dont la matière active est le metalaxyl. Dans le cadre de la recherche de méthodes alternatives contre cette maladie, ce présent travail a porté sur le pouvoir antifongique de plantes et leurs extraits, ainsi que l’activité antagoniste de 11 isolats d’Algérie du genre Trichoderma; sept proviennent de la rhizosphère des zones de production de la pomme de terre et quatre à partir des masses d’oeufs de nématodes du genre Meloïdogyne, prélevées des galles racinaires des plants de tomate collectées de différentes localités. En effet, les préparations à base de plantes testées sont représentés par les huiles essentielles de trois espèces d’agrumes à savoir, l’orange, le citron, la bergamote et celle de la sauge ainsi que, les extraits aqueux et les poudres d’une gamme de plantes à savoir ; l’ortie, la prêle des champs, la sauge, le pacanier, le romarin, le pistachier lentisque, la menthe odorante, et la posidonie de Méditerranée. Les résultats ont affirmé l’efficacité de certaines préparations à base de ces plantes et de certains isolats antagonistes par la réduction de l’inoculum et celle du développement de la maladie, selon certains modes d’application. L’étude de l’activité antifongique et l’analyse chimique par CG-SM des huiles essentielles d’agrumes confirme l’efficacité de l’huile essentielle de bergamote par ses composés minoritaires dont les monoterpenes oxygénés représentés par le nerol, neral, geraniol et geranial. Il serait important d’optimiser leur rendement par d’autres méthodes d’extraction ou choisir un matériel végétal plus riche en ces composés pour la formulation de biofongicides à base de ses principes actifs contre le P. infestans. En revanche, le pouvoir antifongique de l’huile essentielle de sauge s’avère moins important que celui de ses poudres et de ses extraits aqueux. Dans ce sens, une forte activité antifongique est enregistrée pour l’ensemble des poudres et des extraits aqueux de la gamme de plantes testée. On peut recommander à titre préventif, l’utilisation particulière des extraits aqueux du pistachier lentisque, du pacanier, de la menthe à feuilles rondes, de la sauge et du romarin par arrosage ou la production et l’incorporation dans le sol d’un biocompost à base de poudres de toute la gamme de plantes testée. Par ailleurs, l'analyse moléculaire en utilisant les ITS5 a permis l’identification, après séquençage et le blast dans le NCBI, d'une souche de T. atroviride et dix souches de T. asperellum qui ont affirmé un potentiel antagoniste très intéressant et peuvent être préconisés comme agents de lutte biologique contre le mildiou de la pomme de terre, selon différents modes d’application. Il serait notamment plus judicieux de recommander l’incorporation des isolats suivants : T2, T4, T5, T6, T7, T8, T9, T10 et T11 dans le sol, avant plantation.
Etiologie et épidémiologie de la maladie de l’enroulement foliaire de la vigne en Algérie
(ENSA, 2016) LEHAD, Arezki
Une étude étiologique et épidémiologique a été réalisée en vue de déterminer l’agent causal de la maladie de l’enroulement foliaire de la vigne rencontré sur la majorité des vignobles algériens et de déterminer son l’importance. Pour cela 484 échantillons ont été collectés sur les vignobles du centre et de l’ouest du pays. Une analyse ELISA a été réalisée et a révéler la prédominance du GLRaV-3 avec 212 échantillons infectés par rapport aux GLRaV-1 et -2 qui n’ont montrés respectivement que 26 et 77 échantillons infectés. Une RT-PCR a été réalisé pour confirmer ces résultats et le séquençage de certains isolats a été réalisé. Sur la base des séquences obtenues, une étude phylogénétique a été menée pour le GLRaV-2 et -3. Les résultats ont montré que les isolats algériens du GLRaV-3 se regroupent dans trois groupes phylogénétiques et dans un seul groupe phylogénétique pour le GLRaV-2. Les arbres développés montrent la possibilité d’existence de nouveaux groupes phylogénétique pour le GLRaV-3.
Etude des flux polliniques de l’atmosphère de larégion d’Oran à partir de la station météorologique d’Es-Sénia Aéroport
(ENSA, 2016-03-03) KIARED, Ghania
Une étude méthodique du contenu pollinique de l’atmosphère de la région d’Oran (Ouest d’Algérie) a été effectuée à l’aide de la méthode Cour, durant deux années consécutives, d’avril 2004 à avril 2006. L’appareil a été placé dans la station météorologique de l’aéroport d’Es-Sénia (Oran). L’indice annuel moyen est de 3246 grains, parmi lesquels 3237 grains sont identifiés (99.7%), ceux inconnus et nonidentifiables représentent seulement 0.3%. La récolte pollinique de la première année (4230 pollens) est nettement plus élevée que celle de la deuxième (2258 pollens). Les pollens d’herbes (69.5%) sont nettement plus nombreux que ceux d’arbres (27.9%) et d’arbustes (2.3%). Les pollens recensés, listés dans l’ordre décroissant, sont : Chenopodiaceae- Amaranthaceae (41.4%), Plantago , Olea, Poaceae spontanées, Lygeum, Cupressaceae, Urticaeae, Quercus Total, Pinus, Asteraceae Totales, Eucalyptus, Brassicaceae, Casuarina, Pistacia, Arecaceae, Apiaceae et Rumex (0.6). Notre travail montre le calendrier et le spectre polliniques, avec une pollinisation hivernale des Cupressaceae et Arecaceae ; une pollinisation printanière de la plupart des taxons : Urticaceae, Brassicaceae, Pinus, Lygeum, Plantago, Pistacia, Poaceae spontanées, Chenopodiaceae/Amaranthaceae, Asteraceae totales, Quercus total, Olea et Rumex; une pollinisation estivale d’Eucalyptus et d’Apiaceae et une pollinisation automnale du Casuarina. Nous avons aussi énumérer la relation entre ce spectre pollinique et la végétation autochtone et allochtone de la région.
Détection et diversité génétique de Xanthomonas campestris sur les Brassicacées en Algérie
(ENSA, 2016-06-02) LAALA, Samia
Xanthomonas campestris provoque des maladies chez les plantes de la famille des Brassicacées. L’une de ces maladies est la nervation noire. Elle est de distribution universelle et considérée comme la plus destructive des crucifères. Bien que les sources de contamination sont multiples, la semence reste la source principale de la transmission des pathogènes. S’assurer de leur qualité sanitaire est le moyen de lutte le plus efficace contre les bactérioses. Actuellement les techniques officielles adoptées dans les procédures de contrôle des lots de semences sont essentiellement basées sur les techniques microbiologiques. Ces techniques sont longues et coûteuses pour être utilisés en routine. La PCR utilise comme substrat l’ADN qui est une molécule stable, ne rend pas compte de la viabilité des bactéries dans l’échantillon analysé. Le présent travail avait deux principaux objectifs : proposer un nouvel outil moléculaire de détection fiable et rapide de Xanthomonas campestris vivants dans les semences de de Brassicacées « la seed-qPCR». Cette technique est basée sur un enrichissement par germination des semences contaminées couplée à une Taq-man PCR en temps réel après extraction de l’ADN cible. Elle est peu onéreuse et permet de détecter jusqu’au 1 graine contaminée parmi 10 000 graines saines. La deuxième partie consiste à caractériser les souches de X. c. pv. campestris isolées à partir des parcelles infectées en Algérie identifiées pour la première fois. Cent-soixante-dix isolats ont été identifiés et caractérisées par des tests biochimiques, biologiques et moléculaires. 77 isolats ont été sélectionnés pour étudier leur diversité génétique par la méthode MLSA (multilocus sequence analysis) en utilisant 2 gènes de ménage, le gène gyrB et le gène ropD.

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